丸落在佐助的天之咒印暂时封著。然而却遇上了传说中三忍之一--大蛇丸来犯，意图带走佐助，卡卡西便向大蛇丸展示自创秘技--雷切及写轮眼，及警告大蛇丸如欲带走佐助，势必与他同归于尽。不过大蛇丸就暗示卡卡西跟本没有这种能力能杀死他，但亦没有立刻带走佐助，转眼便离开了。卡卡西亦深明自己没有杀死大蛇丸的能力。

后来卡卡西在第三场正式考试前，努力培训跟他有相同‘雷’属性的佐助，练习复制自李洛克的体术，及传授个人秘技--千鸟(雷切)，以对抗我爱罗的绝对防御。

木叶崩溃篇

卡卡西对佐助进行了多日刻苦的训练后，终于让佐助完成可克制我爱罗‘砂防御’之术--‘千鸟’;并在佐助比赛资格快要被褫夺的一刻，及时把佐助送到中忍考试会场内。然而，就在佐助跟我爱罗进行激战之际，大蛇丸突然对木叶隐村发动了攻击，而佐助亦追赶被千鸟所伤的我爱罗。 另一方面，卡卡西则解开了音忍药师兜对会场观众所施的幻术，他命令春野樱把中了幻术的漩涡鸣人及奈良鹿丸(实际上早已自行解了幻术)唤醒，并跟忍犬帕克一起、前往阻止佐助追击我爱罗。大蛇丸更联同沙忍合力进攻木之叶，其间我爱罗的任务之一就是在大蛇丸进攻同时发动一尾，可惜由于他的情绪波动在中忍考试时已经发动了一尾，但被佐助的千乌所伤其后被带走，但之后他安定下来再次发动一尾，佐助赶上跟我爱罗大战，可惜佐助此终不敌一尾，一尾正想杀佐助之时呜人赶上更发动前所未见的力量最后和我爱罗两败俱伤。卡卡西则联同阿凯，应付密集如云的音忍及砂忍。结果大蛇丸行动失败，但三代目火影亦付出了自己的性命。就在第三代火影的丧礼进行时，卡卡西自身一人前往英雄慰灵碑处，悼念从前战死的队友--宇智波带土。

宇智波鼬复返篇

就在木叶崩溃战后不久、百废待兴时，两名隶属于神秘组织--‘晓’的S级叛忍来到了忍村。其中一人就是佐助的兄长宇智波鼬，另外一人是前‘雾忍七刀众’之一的干柿鬼鲛。他们前来的目的，就是为了逮捕‘九尾人柱力’漩涡鸣人。中途却遇上了两名正在巡逻的上忍--猿飞阿斯玛及夕日红，并对战起来。但鼬及鬼鲛的实力实在太强，阿斯玛跟红不久就败下阵来。

此时，卡卡西刚好赶到，复制鬼鲛的水鲛弹之术，并把鬼鲛迫退。他质问鼬回来的目的，瞬间又跟鼬进行激战。他深知鼬写轮眼瞳术的厉害，所以劝阿斯玛及红把眼合起来，以免中了瞳术。卡卡西认为只有自己的写轮眼才可对付写轮眼，但谁不知鼬的写轮眼是进化了的万花筒写轮眼，实力已有一段差距;再加上卡卡西没有宇智波一族的血脉，不能熟练运用写轮眼，用了不久体力便应付不了。因此，鼬只使出了一招瞳术--月读，就令卡卡西的精神崩溃，像是快要被鼬千刀万剐似的，没办法再作战。由于鼬知道卡卡西认识‘晓’，所以便决定要把他带走，并让鬼鲛攻击阿斯玛及红。幸亏上忍阿凯及时赶到，把鬼鲛踢开，成功救出卡卡西、阿斯玛及红。鼬不欲多战，便跟鬼鲛离去;而卡卡西则需到医院接受治疗，直到五代目火影纲手把他救醒为止。

佐助营救篇

自佐助执行任务以来，多次需要鸣人的协助才能逃过危机，于是开始对鸣人的能力感到嫉妒。卡卡西对此是非常清楚的，于是当佐助跟鸣人在医院天台对战时，他及时来阻止，并化解了他们的螺旋丸及千鸟攻击。及后佐助独自在树上沉思时，卡卡西便试图开解他，认为丧亲固然悲痛，卡卡西自己也曾尝过这种滋味;但现在他已经有鸣人这些朋友了，应放下复仇之事。之后音忍四人众来找寻佐助更向他攻击，佐助当然反击，可惜以一个下忍的身手此终不敌四个上忍，音忍四人众临走的时侯更跟佐助说如果想得到力量就来大蛇丸之类的说话，此话一直在佐助心中。卡卡西的一番话并未真正令佐助茅塞顿开。为了追寻强大的力量，佐助决定跟随音忍四人众叛离木叶隐村。春野樱曾试图阻止可惜被佐助打晕，其后她马上通知第五代火影。佐助则进入假死状态被音忍四人众放入木箱带走。第五代火影得知此事后立即名鹿丸召集多四人以组成小队追击佐助，鹿丸找来了他的好友：丁次，木叶忍村的另一个天才：宁次，嗅觉敏锐的：牙，和没有长处的：呜人。鹿丸惊人的智力把这五人小队发挥得最好。五人要准备以一人一敌的方法战斗，第一战丁次自动请英要求出战，鹿丸对自己的好友有信心，可惜丁次最后被打至重伤不过也击败敌人。第二战由宁次出战，宁次第一次的苦战更接近生死边缘，在危急关头用柔拳击中对手把其击败。第三战由牙出战，牙的忍犬可变成人形但对人体内有多一人，此战变成了二对二的平均局面，在苦战间牙不敌最后更要逃亡。。。第四战时，鹿丸和鸣人终于赶上，本来局势对鹿丸有利但音忍四人众突然多了人个队友：君麻吕，更把木箱带走，而鹿丸主动出战第四战更要求鸣门去追击佐助，鸣门相信自己的队友去追击佐助。鹿丸的一战是和用幻术的对手作战，战斗其间更曾经陷入对方的幻术(最后以痛楚解除)，对手此终比鹿丸强，鹿丸用最后的查克拉克制对手的行动可惜因为查克拉不足，敌人的匕手正准备击中鹿丸。。。正当鸣门刚赶上佐助，佐助终于醒来，鸣人大叫希望佐助会跟他回木叶，可惜佐助没有听从更走了，君麻吕向鸣门作出攻击，但后来李(李洛克)赶上与君麻吕对战更示意鸣门去追佐助，李附伤跟君麻吕一战。。。鸣门亦刚赶上佐助。卡卡西知道自己当初一厢情愿的想法太无知，及后决定前往支援鸣人等组成的五人小队(鸣人、鹿丸、丁次、宁次及牙)及李洛克。但第五代说：我有给足够的帮助(大概意思)，原来第五代向沙忍求助，沙忍派出我爱罗;勘九郎;手鞠。但卡卡西一意孤行要去支援鸣门。勘九郎赶上牙也救了牙把对手以残忍的忍术击败。手鞠则赶往营救鹿丸，就在鹿丸的查克拉用完的一瞬间，手鞠赶上把鹿丸救了击败对手。而我爱罗就前往帮助李，但因李有伤在身我爱罗不容他参战，但李还是多次帮手但只给我爱罗添了麻烦，我爱罗和君麻吕大战，前所未见的强大忍术，但君麻吕亦很强，最后我爱罗在险胜中击败君麻吕。鸣门追上佐助后大战，更说了不少感人肺腑的说话，可惜佐助仍没有心动，更令鸣门发动九尾，强大的九尾力量令佐助苦战，不过亦令到佐助感到自己的不足，去尝试大蛇丸的咒印力量，更变生了一对翼。。。最后佐助走了。卡卡西赶到终结之谷时，佐助跟鸣人间之战斗已完结，