三忍攻防战篇

大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去通册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活(即秽土转生禁术)作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但大蛇丸受纲手背叛，幸得兜及时制止，纲手也决心杀死两人展开追逐战..........

佐助营救篇

这之后，大蛇丸因受不了双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。

第二部

佐助重遇篇

三年后，木叶村的大和班从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。

但大和班没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。

不久，鸣人、小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。

大蛇丸之死篇

大蛇丸的身躯逐步迫近三年界限，连兜的药石也已无助，认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。另一边箱佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱 ，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量。大蛇丸恶贯满盈一生，最终得到应有的下场，留下一副大蛇躯壳。后药师兜把其剩下的遗体移植到自己的左手，欲得到大蛇丸的能力，不过也被大蛇丸遗体反吞噬已达3成。

兄弟生死战篇

杀掉大蛇丸的佐助，终于跟兄长宇智波鼬重遇，并进行了宿命生死一战。 于392话中，大蛇丸潜藏在佐助的查克拉，因本身对战时体力耗尽而被释放出来，大蛇丸亦因此一度控制佐助，幻化出八歧大蛇。但最终仍为宇智波鼬的绝招‘须佐能乎’所克制，大蛇丸连同八歧大蛇被吸进酒葫芦的空间内。从此佐助身上的天之咒印亦告消失。

一生评价

虽然大蛇丸大半生作恶多端(包括杀害自己的师傅第三代火影)，但如果以师傅的资质来说，他和自来也一样是尽心尽力的师傅。因为他不但训练了佐助达到上忍以上(例如打败大和队长与迪达拉及宇智波鼬打成平手)的战斗能力，而且就教导佐助对敌人的能力的分析和制定战略方面下了大功夫。

使用术

通灵之术

变化术

束缚之术

木叶瞬身

忍法·蛇脱

忍法·影分身

忍法·软件改造

忍法·不尸转生

忍法·消写颜之术

忍法·死亡预览术

忍法·天地咒印术

忍法·千影蛇络

忍法·双蛇相杀

忍法·潜影蛇手

忍法·潜影多蛇手

风遁.大突破

风遁.风尘烈波

土循.土替身

土遁·土分身

外道之印

封印术.五行封印

封印术.秽土封灭

召唤出秽土转生时所用的棺木，并将敌方拉至棺木中封印。

通灵之术.秽土转生

通灵之术.蛇脱

通灵之术.罗生门

通灵之术.三重罗生门

武器:草薙之剑．空之太刀

最强天地咒印形态:白鳞大蛇

忍法˙八歧之术

出场集数

27第二场考试开始！周围都是敌人！

28打败它还是被吃掉！鸣人当诱饵

29鸣人的反击～我才不要逃呢

30觉醒的写轮眼必杀·火遁龙火之术

31意志坚持我会至死守护你

120吼叫吧咆哮吧终极合体

127-128给我停下来佐助！终于追上了佐助大爆发

135未能信守的约定

137无法无天者的小镇风魔一族的阴影

138清澈的背叛飘渺的愿望

139恐怖大蛇丸的堡垒

146残余的野心大蛇丸的阴影

259天地桥

260九尾解放

261机密任务开始，结束

262大蛇丸VS人柱力

263小樱的眼泪

264战斗的始末

265背叛的尽头

266未完之页

267潜入！毒蛇的巢穴

269宝贵的东西

270画册讲述的故事

273木叶新芽

309力量的代价

310忍者的决心

311发现大蛇丸的巢穴

312遭遇(红莲的回忆）

313话心灵相通

314一夜雨

323~324封印大作战(兜的回想）

325结界攻防战

329咒印的反击（兜的回想）

333大蛇丸的瞳孔

334鹰之眼