大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。

几轮交手之后，佐助进入了鸣人的意识，发现了九尾的秘密。九尾妖狐对佐助的出现很吃惊，他说佐助的写轮眼和查克拉比他自己的还要邪恶，并说以前见过类似的宇智波斑。佐助说他对九尾说的毫不知情，然后开始压制九尾的查克拉。九尾退却时威胁佐助不要杀死鸣人。两个人又回到了现实之中。就在佐助準备使用绝招将眾人一举歼灭的时候，大蛇丸和兜出现了。兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱晓的力量，便於他对鼬的复仇。於是佐助一行三人就消失了。

大蛇丸之死篇

佐助再次出现在一群被他打倒的忍者中间，他身上乾乾净净，一点伤都没有。大蛇丸说即使是号称天才的他在当年也没有如此实力。由於佐助觉得自己已经没有什麼可以从大蛇丸那裡学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然发难，用查克拉刀攻击大蛇丸。而早有準备的大蛇丸则现出真身「白鳞大蛇」，要夺取佐助的身体。两人在精神空间裡进行战斗。在佐助的写轮眼下，大蛇丸遭到了和当年对战鼬相同的惨败，他的精神世界完全被佐助吞併了。

在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。他同水月商量要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到北秘所，说服了有特殊能力的管理员香燐入伙，然后释放了所有的囚徒。佐助最后的一个队友是重吾。此人是咒印的源头，双重性格，有抑制不住的杀人衝动。佐助、水月和香燐来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处於杀人衝动中的重吾正想与水月打起来，很快被佐助用大蛇缠住。重吾在佐助的高压下恢复了正常，重新躲进牢房，害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人衝动。之后佐助又谓君麻吕已為他而死，此刻重吾终於知道眼前这人就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。為了要见识一下佐助到底有甚麼能耐可以令到君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名為“蛇”，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而天下大乱。佐助跟“晓”的阿飞、迪达拉开战。迪达拉败阵下来，最后迪达拉為了证明自己的艺术，自行爆炸，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用时空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而迪达拉则在爆炸中死亡……

兄弟决战篇

在另一边，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务，而“蛇”的成员香燐发现木叶的人在追踪佐助，“蛇”便到“晓”的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬便指示佐助往宇智波一族的故地，来个了断。途中佐助先到故地南贺的神社大堂，并在那裡的秘密集会场所，发现鼬所指的宇智波瞳术『万花筒写轮眼』的存在目的--為了能够控制九尾的力量。亦得悉万花筒写轮眼的使用，最终是会招来失明的命运。

两兄弟甫决战，初时佐助似乎佔了上风，从鼬背后向其插了一刀;但是这却又是鼬的分身，佐助立刻向身后的另一个鼬使用千鸟流攻击。后从绝口中才得知，双方似乎是在战斗，但其实只不过是幻术上的攻防战，实体一直未有动身。他从鼬口中得知宇智波一族创始人--宇智波斑仍存在的事实，就是斑跟鼬一起灭了全族。亦得知宇智波斑也同样拥有万花筒写轮眼，是第一个以眼睛控制九尾及揭露此眼另一秘密的人。鼬续向佐助说万花筒写轮眼的另一秘密，就是本已是万花筒写轮眼拥有者的人，能从其他族人中夺取同样的眼后而创造有独特力量的『新双瞳』，而且永不会堕入黑暗的失明世界中。因此鼬一直以来要佐助练成万花筒写轮眼，正是要这个弟弟作為他的『备用品』，以脱离万花筒写轮眼拥有者失明的命运。

佐助知道一切真相后，亦有所行动。虽然佐助巧妙利用飞膘攻击及以蛇身作掩护，但因与鼬间有一段实力差距，受鼬所制肘，并被鼬夺去了左眼。当然，实际上这些都只是鼬以『月读』所製造出来的幻象，鼬本以為这样便可能使佐助的实体陷入麻痺当中。但想不到的是佐助却有能力破解他的『月读』，反使鼬左眼受伤。佐助指出瞳术毕竟也只是工具，写轮眼也有可以超越万花筒写轮眼的力量。鼬的幻术失效，又有左眼受伤，故佐助乘胜使出擅长的『影风车之术』，使鼬身体受创。后再以『火遁·豪火球之术』攻击鼬，鼬亦以『火遁·豪火球之术』还击，但被佐助压制下来。

此际鼬突然使出高级瞳术『天照』，黑色的火焰把佐助的火焰吞噬下来，并一度欲把佐助也吞噬掉。佐助於是便巧妙地使出大蛇丸流的变身术，使真身穿入地底当中以避开『天照』的吞噬;他又清楚鼬使出『天照』之时是没法进行变身，也深知鼬的体力已到极限，故在地底中进入咒印状态2，并使出『火遁·豪龙火之术』之术突击在地上、已受伤的鼬。鼬虽仍能避开，但右手却被烧伤，而之前的战斗亦使鼬满身伤痕，查克拉已用尽。佐助同样也在使出火遁之时已把查克拉耗尽，但為了杀鼬他已早有準备，将要使出最终的极秘忍术对鼬必杀……

391回中，原来佐助是透过火遁术射向天空以製造出雷电，并将巨大的雷电之力集中於手中并引向攻击鼬。这个被佐助名為『雷遁·麒麟之术』，一举将鼬所身处的岩石击得粉碎，佐助亦满心以為鼬的死期已到……但意想不到的是鼬却也使出终极防御，防御了佐助的轰击;鼬亦使出了他的终极之术『须佐能乎』，原作防卫的骷髏慢慢化成巨人。就在此际，本来被佐助夺去力量、而隐藏在其体内的大蛇丸，竟趁佐助力量虚耗之际佔用其身体，使出『八歧之术』变化出八歧大蛇。但一如日本神话情况，八歧大蛇先后被『须佐能乎』斩下头颅;而本来潜藏在八歧大蛇内的大蛇丸，被『须佐能乎』的十拳剑(别名酒刈大刀，草薙剑的其中一把，能将所有刺中的东西封印在醉梦的游离世界内)刺中，连同八歧大蛇一起被吸进『须佐能乎』所持的酒瓶内。佐助同样地也剋制了大蛇丸的控制而平伏过来。但佐助此时已用尽写轮眼的力量，其写轮眼亦消失。

面对鼬强大的『须佐能乎』之术，佐助又没有写轮眼的力量，唯有不断以引爆符进行攻击;但这却一一被『须佐』所持的『八咫镜』抵御过来，鼬更步步迫近。意想不到的是，鼬似乎因使用『须佐能乎』之术而使身体全面崩溃，口吐大量鲜血，在佐助的额头前轻轻按了一