只剩下鸣人倒卧在地上;他唯有把鸣人先带回村里医治，再行打算。

第二部

我爱罗营救篇

组织‘晓’为了得到传说中的一尾守鹤的力量，捉去了拥有一尾力量的人柱力五代目风影我爱罗。为了救出我爱罗，砂忍向同盟国木叶求援，木叶方面派出卡卡西班前往拯救我爱罗。砂隐村的千代婆婆其后加入卡卡西班一同前往拯救我爱罗。五代目火影纲手再派出凯班作增援，两班分别在途中遇上‘晓’的成员宇智波鼬和鬼鲛(实质上只是幻化成的替身，力量只有主体的三成)。后来与鸣人合作，及鸣人使出螺旋丸加强版--大玉螺旋丸，将宇智波鼬的替身击败。之后再遇上‘晓’的成员地达罗及赤砂蝎，迪达拉以我爱罗的尸体，把性格冲动的鸣人引开。为了避免鸣人独自行动，他从后追赶鸣人，留下小樱及千代奶奶暂时应付赤砂蝎。他开启了进级版的万花筒写轮眼，对迪达拉使用曈术，及控制结界，打断了迪达拉剩下的右手(后来被寻回及接驳好)。惜因为卡卡西刚刚练成万花筒写轮眼，不能熟练地控制空间的位置和大小，在体力方面亦明显不能支撑这种术，很快就感到疲惫。鸣人就趁地达罗中了曈术之时，以螺旋丸突击地达罗;地达罗及时避开，坐下的巨鸟(由迪达拉的土遁术制成)则被击落，鸣人亦从巨鸟口中取回已死亡的我爱罗尸首。后来凯班及卡卡西班再次发现迪达拉，地达罗欲把他们全部炸死。幸而卡卡西在迪达拉引爆的一刻，再次使用万花筒写轮眼，把他和爆炸转移到另一空间。卡卡西班及凯班方逃过一劫。经此役后，由于连续使用两次万花筒写轮眼，卡卡西需要一段时间休息;故由来自暗部的天藏(化名为大和)，担任鸣人及小樱的新队长。

追捕飞段、角都篇

因为上忍猿飞阿斯玛在追捕‘晓’成员飞段、角都时阵亡，第十班矢志(奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野)为老师复仇，而卡卡西亦暂替阿斯玛，作为第十班的队长，率领他们再战飞段、角都。临走前，他交带大和协助鸣人完成其风遁术。

甫一对战，卡卡西成功以雷遁·千鸟偷袭角都，破了其土遁·硬化术(因为雷属性克土属性)，并刺穿其心脏。正当卡卡西以为对方已被击毙，谁不知对方原来拥有多个从其他忍者抢来的心脏(连自己的共五个)，故能不死，并能使用心脏所属者的忍术，包括火遁、风遁、雷遁，使卡卡西喘不过气来;不过，最令卡卡西惊讶的，就是角都曾经跟初代火影对战过。角都欲以卡卡西的心脏填补被雷切击破的心脏。角都先以风遁配合火遁，令火遁进行性质变化，并破了卡卡西的水遁·水阵壁;再而从身上伸出血管，准备强行抽出卡卡西的心脏。

然而，卡卡西亦暗中做了一些行动。他把之前千鸟攻击所得角都的血液，收在血液胶囊内，并让鹿丸跟飞段单独对战时使用。飞段被鹿丸所骗、误用角都的血液施行咒术，结果又破了角都的一个心脏。但角都不是善类，突然全身的血管伸出，把卡卡西、丁次、井野重重捆著，准备对他们施以风火混合攻击。幸亏大和及时率领鸣人、佐井、樱三人赶到，加入战团中，并以大和、鸣人的混合术飓风水涡之术抵消其风火混合攻击。鸣人以新术风遁·螺旋手里剑攻击角都，但第一次失败了，并被角都以血管触手捆绑着。卡卡西见状便跟大和一起营救，以雷切斩断角都的触手，大和亦以木遁术迫退角都。卡卡西认为应对角都进行围攻方妥当，但凭着鸣人要超越四代火影的决心，卡卡西让鸣人作第二次攻击。鸣人亦不负所托，以影分身成功欺骗角都，并从其背后施以风遁·螺旋手里剑，巨大的摧毁力再连破角都两个心脏。最后，卡卡西以雷切收拾倒在地上、动弹不得的角都，摧毁他最后一个心脏，及把角都的尸首带回木叶隐村给纲手研究。

宇智波鼬追捕篇

为了得知有关‘晓’的情报、及追踪正在寻找宇智波鼬的宇智波佐助，卡卡西一行人决定以宇智波鼬为锁定目标进行追捕。卡卡西亦向五代目火影纲手推荐有相当默契，而且全组拥有特殊追踪能力的牙、雏田及志乃小队。他自荐为牙、雏田及志乃的队长，由暗部师弟大和另外率领鸣人、樱及佐井小队。为了增加追踪能力，他召唤出忠心的忍犬们，让每位队员带领忍犬进行搜查。目前他们透过鸣人的影分身、已得知佐助的大约位置。不过途中遇上拥有特殊能力的宇智波斑;因普通的术伤害不到他，故决定让拥有秘术的志乃应付斑。他认为志乃的广泛秘术攻击有效制服对方;但对方查克拉的瞬间消失及重现在另一地方，不禁令他觉得眼前人拥有比四代厉害的‘时空间忍术’，既不用结印、亦不需通灵。更多的事，如佐助击败鼬、眼前的这名对手拥有写轮眼等，都令他惊愕不已。听到佐助身受重伤，及斑已早一步前往战场，他也率众快马赶往，并开启万花筒写轮眼。可惜的是，到达时佐助早已被带走了……

潘恩入侵木叶篇

潘恩六道突然来袭，木叶全村陷入混乱局面中。正当伊鲁卡老师照料受伤的木叶忍者时，遇上了潘恩‘天道’;幸得卡卡西及时相救而免招毒手。然而卡卡西遇上潘恩‘天道’，纵使使出‘土遁·土流壁’及‘雷切’两招，仍未见占任何优势，反被潘恩‘天道’轮回眼的巨大力量所伤……

卡卡西复制别人的忍术

火遁豪火球之术

从佐助复制的，从口中吐出巨大火球之术。只在生存测试中使用过。

水遁大瀑布之术

第一次与 桃地再不斩 对战的时候所复制的忍术，能将高达数十米的水，以有如巨大瀑布的气势一口气冲向目标，攻击对手。

水遁水龙弹术

第一次与 桃地再不斩 对战的时候所复制的忍术，以大量的水以惊人的气势冲向敌人，使敌人受到物理性伤害的忍术。因为水在极速冲刺的同时，会化身成龙的型态，因此被取名为水龙弹术。

水遁水阵壁(Suiton Suijinheki)

卡卡西与归返的宇智波鼬对战时，曾使用的水遁防御术。跟角都对战时也用以抵御风遁、火遁的组合攻击。

水遁水鲛弹(Suiton Suikoudan no jutsu)

宇智波鼬复返时，卡卡西复制干柿鬼鲛的术。

水遁水分身

桃地再不斩 对战的时候所复制的水态分身术。